Gimė Žemaitijoje, Šarnelės kaime. Studijavo VDU anglų kalbą ir literatūrą, o VU - filosofiją. 1943 m. uždarius universitetą, grįžo į gimtinę. Frontui traukiantis į vakarus, žuvo nuo atsitiktinės sviedinio skeveldros.
Vytautas Mačernis savo poeziją spausdino moksleivių spaudoje, skaitė literatūros vakaruose, dalijo draugams. Jo eilėraščiai pirmą kartą buvo išspausdinti 1951 m. JAV poezijos antologijoje 1) „Žemė“ drauge su keturių poetų žemininkų kūriniais.
Su žemininkais Mačernį sieja jo kūrybos problematika: namų tematika, gyvenimo prasmės ieškojimas. Gyvenimo prasmę poetas mato senosios žemdirbių kartos gyvenime. Jis ypač brangina namus ir žemę. Namai susiję su artimiausiais žmonėmis ir protėviais, vaikyste, senolės globa. Gimtoji žemė yra kūrybinių galių šaltinis. Mačernio poezijos žmogus dažnai išeina į pasaulį, bet visada ilgisi namų, gimtinės, į kurią nori sugrįžti.
Vienintelis baigtas Mačernio kūrinys yra „Vizijos“ (1939 - 1942 m.) Tai septynių eilėraščių ciklas su „Įžanga“ ir „Pabaiga“. „Vizijų“ turinį sudaro lyrinis pasakojimas apie kokį nors išgyvenimą. Lyrinio subjekto vizijas pažadina koks nors regimasis įspūdis ar garsas. Regėjimas siejamas su palaima, nes yra geidžiamiausia būsena. Grįžus į tikrovę, patiriamas dvasinės tuštumos ir nuobodulio jausmas. Regėjimuose dažniausiai matoma senolė, kuri lyrinį subjektą globoja, skatina kurti, ko nors siekti. Susitikimai su senosiomis gentimis ir senole sukelia ekstazę, ir žmogus jaučiasi dalyvaujantis šventiniame rituale.
Paskutiniaisiais gyvenimo metais Mačernis sukūrė eilėraščių ciklą „Metų sonetai“, bet jo nebaigė. Jis laikėsi ispaniškojo soneto tradicijos, kai sonetą sudaro du ketureiliai ir du trieiliai. Juose ryškus minties vystymąsis. Paprastai vaizduojama lyrinio subjekto situacija, nusakoma savijauta, o pabaigoje keliami filosofinio pobūdžio klausimai. Dažnai prieinama prie išvados, kad laimės nėra, nes žmogaus siela nepasotinama. Ji gali maitintis geriausiais žemės vaisiais - mokslu, menu, gali naudotis gyvenimo malonumais, nes ištvirkti, po to atgailauti, tačiau liks alkana, taigi iš tikrovės bėgama į svajonių, sapnų sritį.
Mačernio sonetuose yra nuorodų į pasaulinės literatūros palikimą, antikos, viduramžių ir Renesanso kultūros ženklų. Sonetus jungia kelionės, ieškojimo ir pažinimo motyvas. Kaip ir „Vizijose“, sonetuose dažnai perteikiami lyrinio subjekto regėjimai, sapnai, sugrįžtama į praeitį.